Missions et expertise CNR virus des infections respiratoires

Les missions spécifiques du CNR, telles que définies au cahier des charges de l’appel à candidature (Décret n° 2016-806 du 16 juin 2016 fixant le cahier des charges des centres nationaux de référence pour la lutte contre les maladies transmissibles) sont :

Expertise

• Conservation et développement de la collection de souches de virus grippaux, de VRS, de SARS-CoV-2 et des autres virus respiratoires ;
• Développement et diffusion des techniques de diagnostic et d’identification des virus influenzae, VRS, SARS-CoV-2 et des principaux autres virus respiratoires ;
• Caractérisation des souches de virus grippal, de VRS et de SARS-CoV-2 adressées au CNR ;
• Contribution à l’identification et à la surveillance des souches de virus grippaux et de SARS-CoV-2 dans un contexte de suspicion de résistance aux antiviraux et le cas échéant de VRS dans un contexte d’utilisation d’anticorps monoclonaux anti-VRS ;
• Participation à la surveillance d’épidémie d’infections respiratoires dans des collectivités (EHPAD, ESR, école ...) avec identification et caractérisation du virus. 
• Maintien des capacités de culture cellulaire sur différentes lignées ;
• Développement ou validation des techniques de diagnostic moléculaire simplex ou multiplex et évaluation de leur intérêt dans la surveillance ;
• Diffusion, le cas échéant, des techniques de diagnostic moléculaire simplex ou multiplex au sein d’un réseau de laboratoires hospitaliers ;
• Etude de l’adéquation de la composition du vaccin contre la grippe au regard des souches virales circulantes ;
• Analyse et sélection des souches de virus grippal les plus pertinentes pour les envoyer vers les centres mondiaux de référence de l’OMS ; Disposition d’un accès, en tant que de besoin, à un laboratoire de haute sécurité (BSL 3) ;
• Acquisition ou maintien d’une expertise sur le coronavirus (technique diagnostique, caractérisation du virus, etc.) et développement de cette expertise sur les autres virus respiratoires émergents, le cas échéant.

Conseil

• Le CNR apporte à l’agence nationale de santé publique et aux instances d’expertise public (HCSP, DGS, Anses, etc.) son expertise dans le domaine de la prévention et du contrôle de la grippe, du SARS-CoV-2, du VRS et plus largement des virus à tropisme respiratoire responsables de d’infections respiratoires aigües ;
• Il contribue aux travaux de préparation à une pandémie de la Direction Générale de la Santé.

Contribution à la surveillance épidémiologique, en lien avec l’agence nationale de santé publique

• Contribution à la surveillance virologique des virus respiratoires et pour le virus grippal : détection des premiers virus sur le territoire, évolution hebdomadaire du nombre et des caractéristiques des souches circulantes) en lien avec les structures concernées (réseaux de médecins et d’établissements hospitaliers) ;
• Animation du réseau de laboratoires hospitaliers capables de mettre en œuvre les techniques de détection et éventuellement de sous-typage des virus de la grippe ;
• Réalisation du typage des virus responsables de cas graves ;
• Réalisation des analyses antigénique et génomiques des virus responsables de cas graves ;
• Actualisation de façon pluri-hebdomadaire de la base de données de la surveillance en médecine de ville avec les données virologiques concernant le virus grippal, le SARS-CoV-2, le VRS, les rhinovirus et le métapneumovirus ;
• Envoi chaque semaine en amont des réunions hebdomadaires de surveillance de la grippe, un bilan virologique issu de la surveillance en ville et à l’hôpital et intégration, le cas échéant, des informations sur les principaux autres virus respiratoires circulants ;
• Participation, durant la période de surveillance virologique de la grippe aux réunions hebdomadaires d’analyse de la situation ;
• Contribution hebdomadaire aux surveillances européennes et internationales en fournissant les données virologiques françaises, communautaires et hospitalières sur les virus grippaux, le SARS-CoV-2 et le cas échéant le VRS, selon les procédures en vigueur ;
• Mise en place d’une surveillance virologique adaptée en cas de menace pandémique grippale et développement d’outils de diagnostic adaptés (PCR, tests sérologiques…) ;
• Contribution à la surveillance des souches grippales chez l’animal, en particulier aviaires et collaboration avec des laboratoires experts dans le domaine de la surveillance des virus grippaux aviaires (LNR) ;
• Contribution à la surveillance virologique du SARS-CoV-2, de la grippe aviaire ou autres émergences virales respiratoires (confirmation des cas possibles, mise au point de technique de diagnostic, validation et diffusion des techniques).

Contribution à l’alerte

• Le CNR signale à l’agence nationale de santé publique tout événement inhabituel (mutation, émergence d’une nouvelle souche, apparition de résistance aux antiviraux, formes cliniques inhabituelles, etc.) ;
• Il répond aux demandes d’informations complémentaires de l’agence nationale de santé publique concernant les caractéristiques virologiques des virus respiratoires circulant.

Réseaux de surveillance

Réception de matériel biologique

Etudes cliniques et projets