Le CNR prend également en charge l’ensemble des prélèvements respiratoires sélectionnés par les laboratoires hospitaliers qui transmettent, en priorité, au CNR :

• les prélèvements détectés positifs pour la grippe (ou souches de virus influenza) en dehors de la période épidémique,
• les prélèvements de cas sévères ou de cas particuliers comme les suspicions de réduction de la sensibilité aux antiviraux ou d’échec vaccinal,
• les prélèvements dans le cadre d’investigation d’épidémies d’IRA dans les collectivités telles que les EHPAD.
• Les prélèvements de patients hospitalisés détectés positifs pour le VRS et sous traitement par anticorps monoclonal 
• Les prélèvements pour une prise en charge dédiée d’analyses spécifiques du CNR (grippe aviaire ou de MERS-CoV2 …)

D’autres types de prélèvements peuvent être adressés au CNR en fonction du contexte clinique (liquide céphalorachidien LCR, biopsie pulmonaire, biopsie cardiaque, sang …).

Le CNR réalise également des analyses virologiques ou sérologiques sur d’autres types de prélèvement après évaluation de la finalité et accord du CNR.

Le CNR situé à l’Institut Pasteur Paris, prend en charge les échantillons issus de la surveillance en population générale et en milieu hospitalier, provenant de la moitié nord de la France. Alors que le CNR coordonnateur des Hospices Civils à Lyon analyse les échantillons de la moitié sud de la France. Le laboratoire associé, à l’Institut Pasteur de Guyane se charge de la surveillance dans les Territoires Français d’Amérique et le laboratoire de virologie du CHU Felix Guyon à Saint Denis de La Réunion, des Département d’Outre-Mer de l’Océan Indien.

Afin de permettre la surveillance de l’évolution et des caractéristiques des infections correspondantes, parmi les missions des CNR définies par l’arrêté du 7 mars 2017, figurent :

• L’identification et le typage d’espèces peu courantes,
• La confirmation de l’identification ou du typage d’espèces courantes,
• La réalisation de certaines expertises de pathologies infectieuses inhabituelles en France ou l’étude de la couverture immunitaire des populations.

Envoi d’un prélèvement

Recommandations

• Prélèvements 
  • salivaires (tubes avec milieu de transport)
  • écouvillon nasal ou nasopharyngé (avec un milieu de transport non-inactivant)
  • prélèvement profond (Liquide Broncho-Alvéolaire, Aspiration Trachéo-Bronchique)

• Emballage : triple emballage, agent infectieux de catégorie B, classification UN 3373.
  • 1er emballage :  prélèvement respiratoire en milieu de transport
  • 2ème emballage : diagnobag avec tissu absorbant 1 tube (capacité absorbant 50ml)
  • 3ème emballage : enveloppe postale à bulle étiquetée « UN 3373 BIOLOGICAL SUBSTANCE CATEGORY B ». (étiquette CNR HCL / étiquette CNR Pasteur)
• Envoyez par voie postale accompagné de la fiche clinique (hors du diagnobag) au laboratoire correspondant. 
• Postez le prélèvement si possible le jour du prélèvement, ou le plus rapidement possible.

Envoi de prélèvements pour séquençage 

Vos prélèvements pour séquençage seront pris en charge par la plateforme GENEPII des HCL. Positionnée au sein de l'Institut des Agents Infectieux - IAI- du Groupement Hospitalier Nord – GHN, elle est intégrée au Pôle d’Activité Médicale Biologie et Anatomique Pathologique des HCL qui est organisé en laboratoire unique (Laboratoire Biologie Médicale Multi-Sites - LBMMS).

Fiche de renseignement Séquençage Sud à joindre à tout prélèvement pour séquençage

Tout transport de matériels biologiques potentiellement infectieux demeure sous l’entière responsabilité de l’expéditeur. Les modalités de transport des matières infectieuses sont fixées par l’arrêté français du 5 août 2009 modifiant l'arrêté du 29 mai 2009 relatif au transport des marchandises dangereuses par voies terrestres (dit « arrêté TMD »).

Il est recommandé de suivre les guides : 

• Transport de matières infectieuses et agents biologiques du REB - Société Française de Microbiologie (sfm-microbiologie.org)
• Guide sur la sécurité du transport des matières infectieuses et des échantillons de diagnostic publié par l'OMS.

Protection des données personnelles

Certaines de vos données personnelles sont recueillies et font l’objet d’un traitement car elles sont nécessaires à la réalisation de recherche pour accroître les connaissances en sciences médicales et biologiques. Cette finalité est reconnue d’intérêt public. La règlementation européenne autorise cette finalité car :

• ce traitement est nécessaire à la réalisation d’activités scientifiques,
• vos droits sont protégés, notamment par l’utilisation d’un code pour remplacer vos données d’identité dans le cadre des recherches.

Vous ne serez jamais identifié ou identifiable dans les publications des résultats de la recherche.

Toute personne pour qui des données médicales et administratives ont été transmises au CNR HCL peut contacter le délégué à la protection des données pour toute information sur le traitement de ses données dpo@chu-lyon.fr. Cette personne peut exercer auprès de ce dernier son droit d’accès, de rectification, de suppression des données la concernant, son droit à la limitation du traitement de ses données et le droit de s’opposer au traitement de ses données.

• Informations relatives à la recherche médicale sur données et vos droits concernant vos données personnelles (recherche.chu-lyon.fr)

En cas de litige, vous disposez du droit de saisir la Commission nationale de l’informatique et des libertés (www.cnil.fr), qui est l’autorité de contrôle en France des traitements de données à caractère personnel.

Plus d’informations : mentions légales

Conditions financières

Les analyses relevant des activités de surveillance et d’expertise du CNR et sous réserve que la fiche d’information soit remplie sont réalisées à titre gracieux.

Où dois-je adresser le prélèvement ?

France – Sud : HCL – Hôpital Croix Rousse

Pour les régions du SUD de la France : Auvergne-Rhône-Alpes, Nouvelle Aquitaine, Occitanie, Provence Alpes Côte d’Azur, Corse.

HCL de Lyon – Hôpital de la Croix Rousse
CNR laboratoire associé des Virus des Infections Respiratoires
103 Grande rue de la Croix Rousse
69 317 Lyon Cedex 04

Contact :
Martine VALETTE : +33 (0)4 72 07 10 31 / Secrétariat : +33 (0)4 72 07 11 42  ghe.grippe-france-sud@chu-lyon.fr

Fiche clinique devant accompagner le prélèvement (Sud)

France - Nord : Institut Pasteur Paris

Pour les régions du NORD de la France : Ile de France, Hauts de France, Normandie, Grand Est, Bretagne, Pays de la Loire, Centre Val de Loire, Bourgogne Franche Comté.

Institut Pasteur
CNR Virus des infections respiratoires
25-28 rue du Docteur Roux
75724 Paris Cedex 15 – France

Contact :
Vincent ENOUF : +33 (0)1 45 68 89 70
Chloé DOUHERET : +33 (0)1 44 38 91 07
Courriel : grippe@pasteur.fr

Fiche clinique devant accompagner le prélèvement (Nord)