Les HCL, première plateforme française de séquençage du virus Sars-Cov-2

Depuis février 2020, la plateforme de séquençage des HCL participe au suivi épidémiologique de la pandémie (Séquençage des variants du SARS-CoV-2 : les HCL en première ligne). Son activité a connu une croissance exponentielle, avec un record de 4 750 séquençages réalisés en une semaine à l’été 2021. 

Sous la coordination du Pr Bruno Lina, Chef de service de virologie, responsable du CNR des virus respiratoires et du CNR des entérovirus et parechovirus au sein de l’Institut des agents infectieux (IAI), et membre du conseil scientifique sur la Covid auprès du président de la république, ce sont 21 professionnels dont 5 biologistes hospitaliers et hospitalo-universitaires et 16 professionnels non médicaux, - ingénieurs, techniciens, bio-informaticiens, personnels techniques et administratifs, cadre de santé, qui sont aujourd’hui mobilisés pour l’activité de séquençage.

Dans le contexte de la cinquième vague, à nouveau les professionnels investis sont fortement mobilisés. Leur activité se décline dans deux filières de séquençage du virus Sars-Cov-2 :

• La filière de séquençage de « routine » à haut débit remplit une mission de surveillance épidémiologique d’émergence ou de diffusion des variants, ainsi qu’une vigilance sur les situations dites « d’échappement à la vaccination ». Cette filière permet l’analyse de près de 800 prélèvements par jour, avec un délai de rendu du résultat moyen en 7 à 10 jours à compter du prélèvement de dépistage (prélèvement pour analyse RTPCR) ;
• La seconde filière de séquençage dite « rapide », permet, depuis novembre 2021, de réaliser le séquençage d’un prélèvement unique pour des cas déterminés (identification de cluster à la demande des autorités, détection d’importation d’un variant sur le territoire national, cas d’échec de traitement par anticorps monoclonaux, investigation de patients immunodéprimés). Aujourd’hui rendus en 48 à 60 heures, le renforcement progressif de cette filière, et la réception prochaine d’équipements nouveaux (GridION), permet d’envisager un délai de rendu des résultats en 24 à 36 heures.

Afin de réaliser cette activité, un investissement conséquent a été réalisé par les Hospices Civils de Lyon, avec le soutien des autorités nationales :

• Des automates de biologie utilisés pour les premiers stades pré-analytiques, acquis par les HCL pour l’activité de dépistage par RT-PCR, ont été réalloués à l’activité de séquençage ;
• Les HCL ont également acquis et mis en fonctionnement, dans un délai de deux mois (mars-avril 2021) des équipements biomédicaux (dont un séquenceur de nouvelle génération) et informatiques (capacité de calcul et de stockage des séquences). Cela représente un investissement de près de 2 millions d’euros, accompagné par Santé Publique France ;
• Un financement complémentaire de 877 000 €, obtenu de la part de Santé Publique France, a permis de financer durant un an, dans le cadre du programme de financements européens HERA (Health European Preparedness and Response Authority), des ressources médicales et paramédicales, ainsi que des équipements complémentaires.