Centre National de Référence des légionelles

Groupement Hospitalier Nord, Hôpital de la Croix-Rousse
Centre de Biologie Nord, Institut des agents infectieuxBâtiment O - 103 Grande rue de la Croix Rousse, 69317 Lyon Cedex 04
Adresse générique pour joindre les biologistes du CNR : ghn_cnrlegionelles@chu-lyon.fr 
Adresse générique pour joindre le secrétariat du CNR : ms-lbmms-cbn-cnrlegio@chu-lyon.aura.mssante.fr 
Tél : 04 72 07 11 45 ; Fax : 04 72 00 37 54 
Tél standard IAI : (33) (0) 4 72 07 11 11

Présentation du CNR

Le laboratoire de Biologie Médicale multi-sites (LBMMS) du CHU de Lyon a été désigné CNR des Légionelles. Il est chargé, en liaison étroite avec Santé publique France (SpF), de contribuer au diagnostic et à la surveillance épidémiologique des infections humaines causées par Legionella.  

 

En plus des missions d'expertise biologique, d'entretien d'une collection bactérienne et d'une sérothèque, et de contribution à la surveillance épidémiologique, le CNR des Légionelles a également des missions :

• de conseil auprès des pouvoirs publics (ministère en charge de la Santé) et des professionnels de santé; 
• de confirmation de diagnostic ou de diagnostic de première intention sur des sérums, urines ou prélèvements pathologiques;
• d’identification et de typage moléculaire des souches d'origine clinique ou environnementale;
•  d’amélioration du diagnostic des légionelloses par le développement et l'évaluation de nouvelles techniques de diagnostic et leur diffusion par le biais d'information et de formation;
• de conseil et de formation des biologistes et techniciens;
• d’alerte auprès de SpF en signalant l'identification de souches présentant le même profil génomique.

Organigramme

Image

Modalités d'envoi 

Envoi de souches

Envoi de prélèvement biologiques 

Les conditions d’envoi peuvent être retrouvées sur https://biobook.chu-lyon.fr/Home 

Législation: 

Tout transport de matériels biologiques potentiellement infectieux demeure sous l'entière responsabilité de l'expéditeur.

Les modalités de transport des matières infectieuses sont fixées par l'arrêté du 29 mai 2009 modifiant l'arrêté du 1er juin 2001 relatif au transport des marchandises dangereuses par route (dit « arrêté TMD »). Il est recommandé de suivre le Guide sur la sécurité du transport des matières infectieuses et des échantillons de diagnostic publié par l'OMS (https://www.who.int/fr/publications-detail/WHO-WHE-CPI-2019-20).

L'ensemble des textes réglementaires est disponible sur le site www.sante.gouv.fr. Ces documents sont avant tout destinés aux professionnels. La liste à jour des textes applicables et normes référencées est disponible sur le site de l'AFNOR : https://www.afnor.org.

ATTENTION : chaque envoi doit être accompagné de la fiche de renseignements correspondante (ci-dessous) et adressé au : 

Centre National de Référence des Légionelles

Centre de Biologie Nord

Bâtiment O - 3ème étage

103 Grande rue de la Croix-Rousse

69317 LYON Cedex 04

Fiches d'envoi à télécharger

La légionellose est une maladie à déclaration obligatoire. La déclaration doit être faite par le clinicien et par le biologiste (JO n° 110 du 13 mai 1999 page 7095) auprès de l'ARS du domicile du cas. La fiche de notification est disponible à l'adresse suivante :  https://www.santepubliquefrance.fr/maladies-a-declaration-obligatoire/liste-des-maladies-a-declaration-obligatoire

Les fiches d'envoi au CNR sont remises à jour annuellement, veuillez utiliser la version en cours téléchargeable ci-dessous :

• Envoi de prélèvement clinique pour culture et/ou PCR : 
  
  Document

  NE-PréA-DE-040172.24 Ko
• Envoi de souche clinique :
  
  Document

  NE-PréA-DE-041192.94 Ko
• Envoi de prélèvement d'urines : 
  
  Document

  NE-PréA-DE-043178.04 Ko
• Sérologie : 
  
  Document

  NE-PréA-DE-044113.66 Ko
• Envoi de souche environnementale (hors demande ARS pour caractérisation) : 
  
  Document

  NE-PréA-DE-039166.03 Ko

Dans le cadre d'enquêtes environnementales sur demande de l'ARS, les documents à adresser aux biologistes du CNR (GHN_CNRLegionelles@chu-lyon.fr) et à joindre à l'envoi sont les suivants :

• Envoi de souche environnementale à compléter par le laboratoire expéditeur (à la demande de l'ARS pour comparaison) : 
  
  Document

  NE-PréA-DE-042143.02 Ko
• Envoi de terreau ou assimilé à compléter par le laboratoire expéditeur(à la demande de l'ARS pour comparaison) : 
  
  Document

  NE-PréA-DE-089150.83 Ko
• Envoi  d'eau d'appareil d'apnée du sommeil ou de VNI à compléter par le laboratoire expéditeur (à la demande de l'ARS pour comparaison) : 
  
  Document

  NE-PréA-DE-088172 Ko
• Demande de comparaison à compléter par l’ARS: 
  
  Document

  NE-PréA-DE-038155.26 Ko

Elles sont également disponibles dans le Catalogue des examens de biologie du LBMMS des Hospices Civils de Lyon : Biobook HCL. 

Cas particulier des appareils de ventilation non invasive : sur demande des ARS et après un contact pour accord avec le CNR. En présence d'eau résiduelle dans l'appareil, le prélèvement de la totalité de cette eau sera réalisé dans un poudrier stérile et envoyé à température ambiante au CNR accompagné d'une fiche de demande de comparaison remplie par l'ARS. 

 

Cas particuliers des composts et terreau et des infections à L. longbeachae. Après contact avec le CNR et dans le cadre de l’investigation d’un cas de légionellose à L. longbeachae il est possible d’envoyer un poudrier de composts, terre, terreau … (volume approximatif au moins 10 cuillères à soupe). 

Rendu des résultats et délais

Les résultats des analyses sont adressés aux demandeurs par courrier. Les résultats urgents relatifs au diagnostic des légionelloses sont communiqués par téléphone et/ou courriel.

 

Pour chaque souche d'origine clinique, un courrier est adressé au biologiste du laboratoire expéditeur ainsi qu'à Santé publique France (SpF). Il comprend l'identification et le typage de la souche : Sequence Type (ST) et données du séquençage de génome complet (Whole Genome Sequencing, WGS) réalisé en systématique.

 

Pour chaque enquête épidémiologique, un courrier est adressé au médecin de la (des) ARS à l'initiative de cette investigation, au biologiste médical du laboratoire expéditeur, ainsi qu'à SpF.

Le CNR, en lien avec la Direction du Système d’Information (DSII) des HCL met en place un système de transmission sécurisée dans le cadre du projet de Télémédecine développé par la DSII pour la Direction Générale des HCL. Ce système permet un rendu en temps réel aux prescripteurs des résultats sur un serveur sécurisé « HYBRID » qui assure ainsi la sécurité et la traçabilité des résultats. Ce serveur de résultats spécifique (HYBRID) est disponible pour tous les établissements extérieurs. L’accès au serveur de résultats HYBRID peut être demandé auprès du service clientèle joignable par mail à l’adresse suivante : relationclient.lbmms@chu-lyon.fr

Tarification

Les analyses rentrant dans le cadre des missions d'expertise biologique et de contribution à la surveillance épidémiologique du CNR ne sont pas facturées aux laboratoires expéditeurs, sous réserve que la fiche de renseignements du CNR soit jointe et remplie.

 

Les expertises demandées au CNR sont faites à titre gracieux :

1. Lorsqu'il s'agit de l'envoi d'une souche d'origine clinique (identification, typage et lien de clonalité) ;
2. Lorsqu'il s'agit de l'envoi d'une souche d'origine environnementale dans le cadre d'une enquête épidémiologique et suite à la demande d'un médecin de l'ARS (lien de clonalité) ;
3. Lorsqu'il s'agit de l'envoi de prélèvements à visée épidémiologique (mise en culture, PCR, diagnostic déjà réalisé) ;
4. Lorsqu'il s'agit de prélèvements issus de patients en consultation externe qui ne peuvent pas bénéficier d'un remboursement par la sécurité sociale (BHN, non remboursable),
5. Lorsque l'analyse des prélèvements ou des souches contribue à l'enrichissement des connaissances épidémiologiques. Les responsables du CNR sont les seuls juges de la finalité des expertises qu'ils acceptent d'effectuer gracieusement.
6. Sérologie pour titrage (uniquement à la demande de Santé publique France)

 

Les subventions du ministère de la santé pour le fonctionnement du CNR ne permettent pas d'assurer la gratuité totale des prestations. Les analyses permettant un diagnostic initial de légionellose (PCR à visée diagnostique ou recherche d'antigénurie sans résultat préalable obtenu par le laboratoire expéditeur) ainsi que le typage de souches environnementales sans lien avec un cas de légionellose donnent elles lieu à une facturation, selon la nomenclature suivante :

1. Détection d'antigènes urinaires (diagnostic de première attention) : 22,50€ (BHN90*)
2. PCR à visée diagnostique : 65€ (BHN250) 
3. Caractérisation de souche environnementale (hors demande de l'ARS) : 15€
4. Whole Genome Sequencing de souche environnementale (hors demande de l'ARS) : 2205,90€ (BHN8170*)  

*HN : Hors Nomenclature, 1 B ou 1 BHN = 0,25 €

 

Aide au diagnostic clinique et aux investigations épidémiologiques 

i. Méthodes pour le diagnostic 
L'ensemble des techniques disponibles au CNR est détaillé dans les rapports du CNR et comprend les méthodes suivantes :
•    Détection d’antigènes dans les urines*** par immunochromatographie sur membrane (BinaxNOW Legionella®), par immunofluorescence (Sofia®) et par ELISA (EIA Binax, ou autres).
•    PCR sur prélèvements pulmonaires***, sérum, sang sur EDTA ou autres prélèvements pathologiques :
- PCR L.spp et Lp en temps réel maison ciblant les gènes 16s et mip.
- PCR Lp/Lp1 en temps réel, développée par le groupe Européen ESGLI.
- PCR universelle 16S pour les produits pathologiques provenant de sites habituellement stériles
- PCR spécifique du sérogroupe 1 de L. pneumophila (Lp1) applicable aux prélèvements environnementaux et aux prélèvements cliniques. 
•    PCR-séquençage de la région intergénique 23S-5S pour identifier les espèces de Legionella non pneumophila à partir de prélèvements. 
•    Mise en culture*** de prélèvements pulmonaires sur des milieux spécifiques (BCYE, BMPA, MWY)
•    Co-culture des prélèvements pulmonaires sur tapis amibien réalisée sur prélèvements contaminés. 
•     Sérodiagnostic*** par ELISA (kit commercialisé) ou par immunofluorescence indirecte. 
***Le CNR est accrédité selon la norme NF EN ISO 15189 pour la recherche de Legionella par culture et identification de souches depuis 2020, pour la recherche par PCR depuis 2017, pour le diagnostic par détection d’antigènes urinaires depuis 2019, pour le sérodiagnostic par ELISA depuis 2019 et pour le sérodiagnostic par IF depuis 2022 (accréditation COFRAC n°8-3442).
ii. Méthodes d’identification 
•    Identification phénotypique des sérogroupes des L. pneumophila par immunofluorescence ou ELISA; agglutination de particules de latex sensibilisés à l’aide de réactifs commercialisé; immunofluorescence directe.
•    Identification génotypique des L. non pneumophila par séquençage du gène mip et comparaison de la séquence à la base de données disponible sur le site EWGLI (www. ewgli.org) et par amplification et séquençage de l’espace intergénique 23S-5S.  
•    Identification des Legionella par la méthode MALDI-TOF-MS Vitek MS (bioMérieux).  Le CNR dispose actuellement de MALDI-TOF (VITEK MS base sous la version 3.3
iii. Méthodes sur souches
Le typage est réalisé par Whole Genome Sequencing (WGS) sur toutes les souches isolées d'un prélèvement clinique et sur les souches environnementales en lien avec une investigation de cas de légionellose. Cette méthode est applicable sur souche d’origine clinique et souche environnementale. La préparation des banques est réalisée à l’aide du kit DNAPrep et le séquençage paired-end 2x150pb sur le séquenceur NextSeq ou NovaSeq (Illumina) de la plateforme GenEPII des HCL.

Interprétation : un script du laboratoire écrit sous nextflow et utilisant des images singularity est utilisé pour les analyses de l’ensemble des souches séquencées. Il comprend en plus de différentes mesures de qualité : 
o    La détermination du ST sur la base des 7 gènes (flaA, pilE, asd, mip, mompS, proA et neuA) classiquement utilisé pour la méthode de référence (PCR + séquençage Sanger) ; 
o    La détermination du cgST (schéma de 50 gènes standardisé au niveau international en Août 2018) ; 
o    La détermination du cgST (schéma de 1521 gènes standardisé au niveau international) ; 
o    La recherche de la pompe à efflux LpeAB ; 
o    La recherche de mutations associées à la résistance aux antibiotiques utilisés en thérapeutique ; 
o    La recherche du gène lag (facteur associé à une prévalence clinique plus importante des souches). 
Pour la comparaison plus fine de souches clonales, nous réalisons une analyse phylogénétique basée sur la cartographie des Single Nucleotide polymorphisms (SNP) par rapport à une souche de référence du même fond génétique (Script du laboratoire utilisant Snippy). 
Une analyse par cgMLST ad hoc peut être réalisée en complément de l’analyse phylogénétique. 
  
•    Les génomes de certaines souches d’intérêt sont finis par assemblage hybride illumina / nanopore. Pour ce faire les librairies sont préparées via le rapid barcoding kit de nanoporetech, puis séquencées sur des flowcells 10.4.1 via un séquenceur GridION.  
  
•    Le séquençage de la région intergénique 23S-5S par NGS applicable sur prélèvements pulmonaires et sur matrices environnementales complexes. 
Interprétation : un script du laboratoire écrit sous nextflow et utilisant des images singularity est utilisé pour la comparaison des séquences générées à une base de données locale de séquences 23S-5S de différentes espèces de Legionella. 

Le CNR est accrédité selon la norme NF EN ISO 15189 pour la détermination du ST des souches de Legionella à partir des données de WGS depuis 2022 (accréditation COFRAC n°8-3442).
iv. Méthodes sur prélèvements 
La technique de SBT peut être appliquée directement sur prélèvement clinique en s'affranchissant de l'isolement de souches. Cette méthode a été développée par le CNR. Le protocole est maintenant disponible sur le site de l’HPA (Health Public Agency). Cette méthode doit être privilégiée secondairement à la mise en culture du prélèvement et après échec de celle-ci. Les prélèvements pulmonaires peuvent être adressés au CNR pour la réalisation de cette analyse.
Le CNR met également en place une stratégie pour parvenir au séquençage du génome entier à partir de prélèvement à partir de l’hybridation de sondes spécifiques au génome de L. pneumophila et capture.

2.    Analyses environnementales
Le CNR réalise les analyses de surveillance des Légionelles dans les réseaux d'eau pour les établissements des HCL et partenaires, le laboratoire est accrédité pour ces analyses conformément à l'arrêté du 1er février 2010 (Accréditation COFRAC n°1-2423. Portée disponible sur le site www.cofrac.fr) 
•    Méthode par culture selon la norme NF T90-431
•    Méthode par PCR BioRad selon la norme NF T90-471 
 
Certains prélèvements environnementaux particuliers peuvent être analysés dans le cadre d'enquêtes épidémiologiques en collaboration avec les ARS :
•    Recherche de légionelles dans les matrices complexes tels que compost, terres, lagunes d'épuration, ... 
•    Recherche de légionelles dans les prélèvements issus d'appareils de ventilation non invasive

3. Activité d'expertise 
i. Evaluation de la sensibilité aux antibiotiques 
•    Détermination des CMI (concentrations minimales inhibitrices) par microdilution
•    Détection par PCR en point final et en temps réel, suivies d’un séquençage ciblant les gènes impliqués dans la résistance aux fluoroquinolones, aux macrolides et à la rifampicine : gyrA, rrl, rplD, rplV et rpoB respectivement) ; ces PCR peuvent être réalisées sur souche ou directement sur prélèvement
•    Identification des sous populations résistantes aux macrolides, quinolones et rifampicine par technique de séquençage ciblé haut débit.
ii. Evaluation et fabrication de réactifs
Pour l’évaluation de réactif, vous pouvez consulter les rapports d’activité. 
Le CNR a produit les réactifs suivants :
•    Antigènes polyvalents et monovalents de l'ensemble des sérogroupes et des espèces de Legionella préparés par inoculation d'embryons de poulet de 6 à 7 jours par voie vitelline
•    Anticorps polyclonaux de l'ensemble des sérogroupes et des espèces de Legionella

 iii.  Formation et transfert de connaissances 
Le CNR assure le maintien et la diffusion de matériel biologique de référence : souches bactériennes, ADN étalon, prélèvements positifs.
Il est investi dans la mise au point, l'évaluation et la diffusion des techniques de diagnostic, commerciales ou académiques.
Il participe aux enseignements universitaires et hospitaliers sur les légionelles.
Il contribue à la formation de biologistes et techniciens en les accueillant en stage ou en y associant le transfert des technologies.
 

Contribution à la surveillance nationale en interface avec Santé Publique France et les Agences Régionales de Santé 

Les échanges avec SpF sont pluri-hebdomadaires (téléphoniques, courriers électroniques, interface de partage sécurisé) et ont pour objectifs : de valider les cas de légionellose posant problème ; de discuter des investigations en cours (résultats de typage, prélèvements adéquates à réaliser, etc) ; d’initier de nouvelles études ou analyses communes.
Données échangées : notification hebdomadaire du CNR à SpF des souches d’origine clinique reçues ou cultivées et des PCR positives au CNR. Chaque fin d’année, les données de ces fichiers sont validées par SpF. Le bilan d’activité du CNR concernant la surveillance des cas de légionellose s’appuie sur ces données.
SpF fournit toutes les informations utiles au CNR lors des investigations épidémiologiques. En retour, le CNR fournit le courrier des résultats des investigations sur l’interface de partage. Cette information est également transmise par le CNR à l’ARS qui a demandé l’analyse.

Réseaux européens de surveillance

EURL-PH-LEGI

En réponse à l’appel à candidatures de la Commission Européenne à l’automne 2023 pour la nomination des premiers Laboratoires de Référence Européens (EURLs), le CNR Français a coordonné la constitution d’un consortium regroupant les CNR d’Italie, du Portugal et d’Allemagne. Cette candidature, soumise en janvier 2024, a conduit à la désignation officielle de l’EURL-PH-LEGI en février 2024.

Opérationnel depuis janvier 2025 et jusqu’en décembre 2031, l’EURL-PH-LEGI vise à promouvoir les bonnes pratiques et à fournir un soutien aux États membres de l’UE/EEE en matière de diagnostic, de méthodes de test et de typage, tout en renforçant les capacités pour garantir une surveillance et une notification de qualité. 

Le travail de l’EURL s’articulera autour de huit axes : i) Gestion et coordination du projet, ii) Communication et diffusion, iii) Évaluation, iv) Pérennité, v) Diagnostic de référence, vi) Amélioration et évaluation de la qualité des méthodes de surveillance en laboratoire, vii) Conseil scientifique et assistance technique et viii) Formation

ESGLI

Le CNR participe activement au groupe d’étude européen pour les infections à Legionella ESGLI (pour ESCMID (European Society of clinical Microbiology and Infectious Diseases) Study Group for Legionella Infection) comprenant près de 100 membres européens et internationaux. Le groupe ESGLI est un groupe de scientifiques dont l'objectif est d'étudier et d'améliorer le diagnostic, le traitement, le contrôle et la prévention de la légionellose. Pour ce faire, il encourage et soutient la recherche, l'éducation, la formation et les bonnes pratiques médicales. 

ESLDNet

Le CNR collabore avec le réseau européen de surveillance des légionelloses ELDSNet (European Legionnaires’ Disease Surveillance Network) de l’ECDC. L'ELDSNet surveille les cas de légionellose, notamment ceux associés à des voyages internationaux. En cas d'alerte, le réseau facilite une communication rapide entre les autorités de santé publique des pays concernés pour prendre des mesures de contrôle. ELDSNet collecte et analyse les données des cas signalés, permettant de comprendre les tendances épidémiologiques, les facteurs de risque, et les sources potentielles d'infection à travers l'Europe.
 

Rapports d'activité

• Document

  Legionella_Rapport activites 2024_VF.pdf2.07 Mo
• Document

  Legionella_Rapport activité 2023_VF.pdf2.1 Mo
• Document

  Legionella_Rapport activité 2022_VF.pdf11.83 Mo
• Document

  Legionella_Rapport activité 2021_VF.pdf2.3 Mo
• Document

  Legionella_Rapport activité 2020_VF.pdf1.65 Mo

Bibliographie du CNR  

• Publications référencées dans Medline sur le thème des légionelles
  
   

ADN étalon 

Présentation du projet

A la suite des études mises en place lors de la rédaction de la norme NF T90-471 relative à la PCR Legionella dans l'environnement, il est apparu nécessaire d'améliorer la standardisation de l'étape de quantification. 

Un groupe d'experts issus de tous les domaines impliqués dans la problématique Légionelles a donc travaillé sur la mise en place d'un étalon commun d'ADN pour la PCR.

• La première étape de cette mise en place, entre 2007 et 2008, consistait à trouver le producteur d'ADN de Legionella qui pourrait produire l'ADN étalon. Une première étude inter laboratoire a été mise en place pour tester les différents candidats.
• En 2009, le premier lot d'ADN étalon a été produit par le fabricant choisi afin d'être certifié lors d'un essai inter laboratoire. Cette campagne avait pour but d'affecter une valeur à l'ADN étalon, elle a été conçue d'après le guide ISO 35:2006 relatif à la certification des matériaux de références. Douze laboratoires français qui effectuent la PCR Legionella y ont participé. Les résultats de ces essais ont été publiés : The characterization and certification of a quantitative reference material for Legionella detection and quantification by qPCR - PubMed (nih.gov)  et Quantification of Legionella DNA certified reference material by digital droplet PCR - PubMed (nih.gov)
• Cet ADN étalon est maintenant distribué par le CNR ; son utilisation est décrite dans la norme NF T90-471 et dans la norme ISO 12869. 

 

Documents ADN étalon

Vous pouvez consulter ci-dessous le rapport de certification du premier lot d'ADN étalon qui a été rédigé suite à la campagne de certification inter-laboratoires organisée en juin 2009.

• Document

  Note changement ADN étalon 2023.pdf522.74 Ko
• Document

  Certificat ADN étalon V14.pdf141.66 Ko
• Document

  Notice utilisation ADN étalon primaire V3.pdf461.83 Ko

Documents Contrôle Qualitatif Externe

L'ADN étalon permet de calibrer l'étape de quantification du système PCR, mais il est par la suite nécessaire de suivre cette quantification pour vérifier qu'aucune dérive du système n'apparaît. C'est le but du contrôle quantitatif externe (CQE) ; utilisé comme un témoin de quantification à chaque run, il permet d'assurer le suivi qualité entre deux étalonnages.

• Document

  Notice utilisation Certificat CQE.pdf482.89 Ko

 

Tarifs et commande

janvier 2025, tarifs HCL non soumis à TVA, hors frais d'expédition

Votre commande ou demande de devis peut être envoyée au CNR par email à l'adresse GHN_CNRLegionelles@chu-lyon.fr + manon.robert01@chu-lyon.fr + blandine.bavitot@chu-lyon.fr ou par courrier à l'adresse suivante :

CNR des Légionelles, Institut des Agents Infectieux, Groupement Hospitalier Nord

103 Grande-Rue de la Croix Rousse 69317 LYON Cedex 04

• ADN Etalon (Réf. SRM_LEGDNA_01)      
• Prix unitaire          202,05 €     
• Contrôle Quantitatif (Réf.CQE_LEGDNA_01)     
• Prix unitaire         101,80 €     
• ADN Etalon + CQE     
• Lot 1 ADN Etalon + 4 CQE          456,90 €     

Etudes et congrès

Etude sur les cas de légionellose sporadiques et exposition au domicile : LEGIODOM

Résumé

Le nombre de cas de légionellose notifiés reste élevé ou du moins, ne diminue pas ces dernières années. La majorité (60%) des cas sont des cas communautaires sans exposition particulière rapportée. Les résultats des investigations épidémiologiques environnementales et microbiologiques menées autour des cas isolés ont montré que l’eau des réseaux sanitaires peut être à l’origine de la contamination des cas de légionellose mettant en exergue l’importance des mesures de prévention, de la surveillance et le contrôle du « risque légionelles » dans les réseaux d’eaux qui ne sont pas tous soumis à une réglementation. Afin d’améliorer les connaissances sur les sources de contamination des cas de légionellose, il s’avère donc primordial de documenter la part des cas de légionellose pouvant être liée à une contamination à domicile via les réseaux de distribution d’eau. Cette exploration s’inscrit dans le Plan national de santé environnement (PNSE 4) lancé en 2021, par son action n°12 qui vise à mieux comprendre et prévenir les cas de légionellose. Un des deux axes de cette action prévoit l’exploration de la part potentielle des cas de légionellose en lien avec des contaminations à domicile.

L’objectif principal de cette étude est de déterminer la part potentielle des contaminations à domicile dans les sources de contamination des cas sporadiques de légionellose.

Les objectifs secondaires permettront d’identifier les facteurs pouvant être liés à la contamination du réseau d’eau, aux caractéristiques microbiologiques de l’eau et des Legionella et à la sévérité des cas.

Le Centre national de référence des légionelles (CNR-L) (Pr Sophie Jarraud (HCL, CNR-L) en qualité d’investigateur principal de cette étude et Santé publique France (Christine Campese) en tant qu’investigateur associé sont à l’initiative du montage de l’étude. Le CNR-L sera en charge du monitorage de l’étude, de la récolte des données, de leurs validations ainsi que des analyses en lien avec l’unité Hygiène, Epidémiologie et Prévention Pôle Santé Publique des Hospices Civils de Lyon.

PROGLEGIO

L’étude ProgLegio, étude nationale interventionnelle prospective (NCT03064737, projet PRTS ANR/DGOS, ANR-15-CE17-0014NCT0306473) dont le CNR est coordinateur pour le versant étude clinique a pour objectif d’identifier des marqueurs bactériens et d’hôte associés à l’évolution péjorative de la légionellose. Cette étude a démarré en 2017 et se poursuit jusqu’à fin décembre 2025 après l’inclusion de 300 patients dans 18 centres Français.

Il s’agit d’un projet de recherche translationnelle en Santé (PRTS), associant une recherche clinique et une recherche fondamentale. Il a associé aussi pour la recherche fondamentale le Centre Internationale de Recherche en Infectiologie (CIRI, équipe LEGIOPATH), le Laboratory of Human Genetics of Infectious Diseases (HGID) (INSERM UMR 1163, C. Picard) et le laboratoire Biology of intracellular Bacteria (Institut Pasteur CNRS UMR 3525, C. Buchrieser).

Nous avons montré que les légionelloses sévères sont marquées en phase initiale par (i) des charges bactériennes pulmonaires et sériques (taux d’ADN de Legionella) significativement plus élevées ainsi qu’un microbiote pulmonaire bactérien très perturbé; (ii) une hyperinflammation (augmentation significative de production de 7 cytokines parmi 19 recherchées pour les patients les plus sévères) associée à une immunoparalysie (altération fonctionnelle des cellules de l’immunité, non capable de répondre à un stimulant). La mise en évidence d’une immunoparalysie, comme cela a été décrit dans le sepsis, est une première étape pour envisager des études ultérieures sur l’intérêt d’un traitement immunostimulant plus personnalisé pour les patients les plus sévères (Allam, Front. Cell Infect Microbiol. 2023; Pérez -Cobas, Cell. Rep. Med. 2023 & mBio 2020).